W 1931 roku w duchu reform Farskýego Kościół oficjalnie odrzucił m.in. dogmaty o Trójcy Świętej, dziewiczym poczęciu Jezusa Chrystusa, jego zmartwychwstaniu i ponownym przyjściu w dniu Sądu Ostatecznego. W 1971 roku, po rewizji swoich dotychczasowych nauk, Kościół ten powrócił jednak do wyznawania Credo. W kwestii natury Chrystusa w swojej dogmatyce jest jednak zbliżony do nestorianizmu.
Organizacja Czechosłowacki Kościół Husycki ma ustrój episkopalno-synodalny. Administracyjnie podzielony jest na sześć diecezji, z których pięć znajduje się na terenie Czech (Brno, Praga, Hradec Králové, Ołomuniec, Pilzno) i jedna na Słowacji (Bratysława). Posiada 290 wspólnot religijnych.
Obecni biskupi diecezjalni (2023) Juraj Jordán Dovala (Brno) David Tonzar (Praga) Pavel Pechanec (Hradec Králové) Tomáš Chytil (Ołomuniec) (Pilzno) (Bratysława)