Rafy powstają w określonych warunkach: temperatura wody musi utrzymywać się powyżej 18 °C (średnia temperatura wody na powierzchni nie może być niższa niż 24 °C, a optymalne warunki to 26–27 °C) woda musi być czysta głębokość wody nie może przekraczać 50 m zasolenie wody musi utrzymywać się w przedziale 30–40‰ Średni roczny przyrost rafy to 5–8 mm, który w idealnych warunkach może dochodzić do 15 mm.
Do powstania Wielkiej Rafy Koralowej przyczyniły się następujące czynniki: stabilny brzeg kontynentalny o umiarkowanym zanurzeniu dryft kontynentu na północ ku ciepłym wodom tropikalnym zmiany poziomu wód oceanicznych napływ osadów z lądu
Według teorii wędrówki kontynentów, po oderwaniu się od Antarktydy po rozpadzie Gondwany, Australia przesuwała się w okresie kenozoiku na północ w tempie 7 cm rocznie. Wschodnia Australia uległa wyniesieniu, a działalność wulkaniczna natężyła się – wiele z ówczesnych wulkanów stało się wyspami wulkanicznymi. Proces wyniesienia i denudacji trwający 50 milionów lat dostarczył budulca dla utworzenia się szelfu kontynentalnego. Po uformowaniu się basenu Morza Koralowego, w wodach Morza rozwinęły się pierwsze koralowce, jednak zbyt niska temperatura wody nie pozwoliła na ich bujny rozwój. Dopiero po przesunięciu się Australii ok.