Zaczernie leży na północ od Rzeszowa, w odległości około 7 kilometrów od centrum miasta. Od południowego wschodu graniczy z Trzebowniskiem, od wschodu z Nową Wsią. Lotnisko w Jasionce stanowi północno-wschodnią granicę Zaczernia, natomiast od północy wieś sięga po Tajęcinę. Pomiędzy wsią i lotniskiem przebiega autostrada A4, a na zachodzie przebiega linia kolejowa nr 71 z przystankiem Zaczernie.
Teren Zaczernia znajduje się w obrębie południowej części Kotliny Sandomierskiej – największego makroregionu Podkarpacia. Leży w tzw. Zapadlisku Przedkarpackim. Położenie Zaczernia jest niezwykle interesujące, bowiem na jego terenie występują aż trzy jednostki geomorfologiczne. Północna część wsi o krajobrazie równin peryglacjalnych wchodzi jeszcze w głąb Płaskowyżu Kolbuszowskiego. Dolina Czarnej leży z kolei w podregionie Rynny Podkarpackiej, której krajobraz determinują współczesne i stare tarasy akumulacyjne, zaś południowa część wsi posiada wyżynny, lessowy krajobraz, charakterystyczny dla Podgórza Rzeszowskiego.