Zaczernie położone jest w zasięgu zlewni rzeki Wisłok. Wewnętrzną sieć rzeczną tworzą: rzeka Czarna i potok Suwarka. Grunty orne to w większości gleby łatwe do uprawy z piachem w górnych warstwach. Nazwa Zaczernie ma charakter topograficzny. Przyimek „za” wskazuje kierunek ruchu osadniczego, którego centrum stanowił Rzeszów. Na przestrzeni wieków nazwa ta była różnie zapisywana w zależności od przeobrażeń w polskim systemie fonetycznym i zmian w pisowni, np.: Zaczirne (1443), Zaczyrnye (1447). Najdawniejszym dokumentem wymieniającym nazwę wsi jest akt uposażenia kościoła parafialnego z Zaczerniu wydany przez Jana, dziedzica Rzeszowa i Staromieścia w dniu 29 czerwca 1439 roku. Nazwa wsi wywodzi się od Czarnej – rzeki, nad którą leży miejscowość. Wyraz ‘zaczernie’ oznacza więc miejsce położone za Czarną. Na początku określano w ten sposób zapewne jedynie teren, później osadę, a z czasem wieś.