Po zatopieniu „Cumberlanda”, okręt konfederatów powrócił do „rozstrzeliwania” fregaty USS „Congress”, niemającej większych szans na ucieczkę ani obronę, wywołując w krótkim czasie jej pożar. Płonący „Congress” w nocy wyleciał w powietrze.
Trzy pozostałe fregaty usiłowały podpłynąć z pomocą, lecz z powodu płytkich wód i odpływu weszły na mieliznę, na której ostatecznie utknęła „Minnesota”. Ku niej teraz skierowała się „Virginia” z dwiema kanonierkami bocznokołowymi CSS „Patrick Henry” i CSS „Jamestown”, które wypłynęły z odblokowanej rzeki James. Jednakże, z uwagi na duże zanurzenie „Virginii”, podejście do „Minnesoty” wiązało się także dla niej z ryzykiem utknięcia, więc otwarła jedynie ogień z dużej odległości (1800 m), który nie okazał się skuteczny. W końcu, dowódca „Virginii” kapitan Catesby Jones wycofał się z walki ku brzegowi zatoki zajętemu przez konfederatów, postanawiając zniszczyć resztę eskadry Unii następnego dnia podczas przypływu, co wydawało się łatwym zadaniem.
Druga faza bitwy Rano 9 marca „Virginia” podniosła kotwicę i ponownie ruszyła w stronę „Minnesoty”. Jednakże, w jej stronę ruszył niespodziewany przeciwnik - USS „Monitor” – który zdołał dopłynąć w nocy na Hampton Roads i zajął pozycję obok „Minnesoty”.