Karen Horney nie była szczególnie związana z ojcem ze względu na jego częste nieobecności w domu i wychowywała się pod wpływem matki. Jej uczucia wobec ojca były niejednoznaczne – Karen w swoich pamiętnikach opisuje go negatywnie, boi się go, choć jednocześnie go podziwia. Ojciec rozpieszczał starszego syna Karen, Brendta. Ze względu na to Karen dorastała w poczuciu braku rodzicielskiej miłości i w poczuciu bezwartościowości.
W wieku 14 lat, pod wpływem życzliwego lekarza, Karen zdecydowała się zająć medycyną. Pomysł ten był popierany przez jej matkę. Studia medyczne rozpoczęła w 1906 roku we Freiburgu, ukończyła je na Uniwersytecie Berlińskim w 1913 roku, ze specjalizacją w psychiatrii.
Podczas studiów poznała Oskara Horneya, przyszłego absolwenta prawa i wyszła za niego za mąż w 1909 roku. Para miała łącznie trzy córki – Brigitte, Marianne i Renate (urodzone kolejno w 1911, 1913 i 1915 roku). Karen Horney nie była szczęśliwa w małżeństwie – stres wynikający z łączenia macierzyństwa i nauki (pierwszą córkę urodziła jeszcze studiując), spowodował u niej depresję;