Działalność Las Casasa spotykała się z polemiką ze strony mu ówczesnych oraz nowożytnych historyków. W 1550 miała miejsce dyskusja pomiędzy Las Casasem i Juanem Ginés de Sepúlvedą o użyciu siły wobec Indian. Podczas gdy Sepúlveda postulował, iż Hiszpanie mają prawo do podboju ziem rdzennych plemion ze względu na ich niski poziom cywilizacyjny oraz barbarzyńskie praktyki, które były przeszkodą w ewangelizacji. Z tego względu Hiszpanie powinni sprawować pewną kontrolę nad procesem ucywilizowania Indian. Bartolomé de Las Casas był przeciwny stosowaniu jakiejkolwiek przemocy w procesie ewangelizacyjnym oraz przy próbach zapewnienia porządku i zagwarantowania bezpieczeństwa misjonarzom. Las Casas był przekonany, że każda wojna wypowiedziana Indianom była niesprawiedliwa. Uważał, że Indianie mogą dołączyć do grona chrześcijan wyłącznie dzięki pokojowym kontaktom z misjonarzami, a obecność uzbrojonych ludzi negatywnie wpływa na rdzennych mieszkańców. Takie podejście powodowało, że misjonarze musieli ratować się ucieczką albo ponosili śmierć z rąk Indian uzbrojonych w zatrute strzały. Ojciec Bartolomé nie podlegał żadnej cenzurze, królowie i ministrowie wysłuchiwali go cierpliwie, nakazywali formować zespoły, mające analizować jego krytykę i propozycje.