Matka urodziła się w Jurgowie na Spiszu. Jej ojciec, Sebastian Chowaniec, „był właścicielem jakichś tam polan, które dzisiaj są po słowackiej stronie”, wspominał Józef Tischner. „Sam działał w plebiscycie, który miał ustalić granicę południową Polski po wielu latach rozbiorów”. Umiał czytać i pisać, był dwa razy w Ameryce, w czasie pierwszej wojny światowej walczył na froncie włoskim. Jego synowie uprawiali pola i hodowali zwierzęta, ale córki zdobyły wykształcenie: Weronika została nauczycielką, a Maria i Krystyna wstąpiły do zakonu sióstr serafitek (przyjęły imiona Benigna i Świętosława).
Józef Tischner i Weronika z Chowańców pobrali się latem 1930 i zamieszkali w Tylmanowej, gdzie obydwoje znaleźli pracę w szkole. Kiedy ich pierworodny syn Józef skończył rok, ojciec wygrał konkurs na kierownika szkoły w Łopusznej koło Nowego Targu, gdzie najpierw pomieszkiwał sam u Franciszka Klamerusa „Kumoska”, a następnie w 1934 przeprowadził się z rodziną do wyremontowanych pomieszczeń szkolnych. Józef Tischner uczęszczał do miejscowej szkoły podstawowej. Był starszym bratem Mariana – profesora weterynarii oraz Kazimierza – zootechnika. Po ukończeniu I Liceum Ogólnokształcącego im. Seweryna Goszczyńskiego w Nowym Targu w 1949 postanowił wstąpić do seminarium.