Ojciec sprzeciwiał się decyzji syna, uważając, że „Józef jest za młody”.

Kariera naukowa Z początku studiował prawo na Uniwersytecie Jagiellońskim, następnie w latach 1950–1955 filozofię i teologię na Wydziale Teologicznym UJ. W 1955 ukończył Wyższe Seminarium Duchowne Archidiecezji Krakowskiej i 26 czerwca w bazylice katedralnej na Wawelu przyjął święcenia prezbiteratu z rąk biskupa Franciszka Jopa. Po święceniach na kilka miesięcy został wikariuszem w jawiszowickiej parafii św. Marcina. Gdy władze państwowe odmówiły zatwierdzenia jego nominacji na wikariusza parafialnego w Jeleśni, kontynuował studia w Warszawie na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej Akademii Teologii Katolickiej, a następnie, od 1957 na Wydziale Filozoficzno-Historycznym UJ. Tam pod kierunkiem Romana Ingardena w 1959 uzyskał magisterium, a w 1963 obronił pracę doktorską Ja transcendentalne w filozofii Edmunda Husserla. W latach 1961–1963 pełnił funkcję sekretarza generalnego Polskiego Towarzystwa Teologicznego z siedzibą w Krakowie. Jesienią 1968 po raz pierwszy wyjechał za granicę, na roczne stypendium do Leuven.