W wielu populacjach rdzennych Amerykanów często występuje haplogrupa Y-DNA Q, która wiąże się z liniami ojcowskimi tych wczesnych migracji. W przypadku mitochondrialnego DNA najczęściej spotykane są haplogrupy A, B, C i D, a w niektórych grupach także haplogrupa X, co odzwierciedla złożoną historię zasiedlania kontynentu.

Współczesne badania z zakresu genetyki populacyjnej oraz antropologii molekularnej wskazują, że rdzenna ludność Ameryk wykazuje wysoki stopień pokrewieństwa genetycznego, co jest efektem wspólnego pochodzenia od paleolitycznych populacji syberyjskich, które migrowały przez Beringię. Proces ten nie doprowadził jednak do powstania homogenicznej struktury biologicznej; po zasiedleniu Ameryk nastąpiła silna dywergencja i różnicowanie się poszczególnych grup w odpowiedzi na izolację geograficzną oraz adaptację do zróżnicowanych warunków środowiskowych.