Skawa posiada klimat umiarkowany przejściowy. Występuje korzystny stopień nasłonecznienia ok. 2000 godzin rocznie. Średnia roczna temperatura powietrza wynosi 6,5 °C, najcieplejszym miesiącem jest lipiec (16,5 °C) – najchłodniejszym styczeń i luty (ok. -4 °C). Roczna ilość opadów wynosi ok. 900 mm. Są to opady przeważnie krótkotrwałe lecz o dużym natężeniu. W ciągu roku jest średnio 175 dni z opadami, z czego większość przypada na miesiące letnie. Średnia grubość pokrywy śnieżnej zalegającej przeciętnie od grudnia do połowy marca wynosi ok. 30 cm. Dominuje wiatr zachodni i południowo-zachodni zwany Orawiakiem. Często wieje lokalny wiatr halny, wywołując silnym i ciepłymi podmuchami gwałtowne topnienie śniegu. W dolinie Skawy często występują mgły wywołane inwersją temperatury. Inwersja temperatury ma ujemny wpływ na uprawy rolne, gdyż towarzyszące im przymrozki działają szkodliwie na procesy wegetacyjne.
W ścisłym związku z rodzajem podłoża skalnego i czynnikami klimatycznymi pozostaje charakter gleby. Największą powierzchnię zajmują gleby brunatne terenów górskich, kwaśne oraz wyługowane, wytworzone ze skał osadowych.