Obecność gleby brunatnej jest związana z występowaniem przed setkami lat na tym obszarze terenie lasów bukowo-jodłowych, które zostały wycięte i obszary po nich zajęte pod uprawę rolniczą.
Górzysty charakter obszaru Skawy powoduje, że występują tu źródła i potoki spływające do rzeki Skawy. Rzekę i potoki charakteryzuje relatywnie duży spadek podłużny. Dorzecze Skawy wynosi 1188 km². Ma swoje źródła na stokach Pasma Podhalańskiego. Najbardziej atrakcyjnym jej odcinkiem jest wąski przesmyk koło Osielca. Geneza rzeki Skawy wiąże się z pradziejami Karpat. Rzeki spływające z wału karpackiego, m.in. Skawa, żłobiły coraz głębsze doliny i przenosiły odporny materiał skalny. Dna doliny tworzą dwie terasy: niższa układająca się na wysokości 4 m nad poziom rzeki, która zalewa ją tylko w czasie wielkich powodzi oraz wyższa na poziomie 10 metrów, będąca śladem koryta pra-Skawy. Na obszarze Skawy występują wody mineralne, których obecność wiąże się z budowa geologiczną płaszczowiny magurskiej (część południowo-wschodnia obszaru). Wykazuje ona wiele pęknięć powstałych w wyniku ruchów górotwórczych sprzed milionów lat.