14 kwietnia 1430 klasztor został splądrowany przez bandę rycerzy, rozbójników (przybyłych z całej ówczesnej Polski, a także ze Śląska, Czech i Moraw, wśród których był m.in. starosta sanocki Jan Kuropatwa), którzy przy tej okazji sprofanowali i zniszczyli cudowny obraz. Obraz został wówczas wyrwany z ołtarza, ciśnięty na ziemię, okradziony z kosztowności i pocięty szablami. Po renowacji w Krakowie i ozdobieniu tła srebrnymi blachami obraz został uroczyście przeniesiony na Jasną Górę w 1434. Ponowny wzrost ruchu pielgrzymkowego wymusił trwającą do 1644 rozbudowę gotyckiej kaplicy Matki Bożej o trójnawowy korpus. Budowa fortyfikacji trwała 28 lat, z przerwami od roku 1620.
Szczególne znaczenia dla Polaków miejsce to nabrało podczas potopu szwedzkiego w 1655 oraz 1 kwietnia 1656, gdy król Jan II Kazimierz Waza złożył śluby lwowskie. 16 marca 1657 przybył on na Jasną Górę i tam modlił się o uratowanie Rzeczypospolitej przed wojskami szwedzkimi. Śluby lwowskie powtórzone zostały 26 sierpnia 1956 w Jasnogórskich Ślubach Narodu, napisanych przez prymasa kard.