Ponadto nieopodal występują liczne mniejsze wyspy i archipelagi: Cuszima (Tsushima), Iki, Amakusa, czy Gotō.
Południowe zwieńczenie Wysp Japońskich stanowi długa na 1000 km girlanda wysp Riukiu (Nansei Shotō), które dzielą się na położone bliżej Kiusiu Satsunan oraz dalsze właściwe wyspy Riukiu (Ryūkyū Shotō), z Okinawą (największą z nich).
Do Japonii należą też inne grupy przeważnie wulkanicznych wysp, a więc leżące ok. 2000 km na południe od Tokio Ogasawara i Kazan oraz położone bliżej Honsiu wyspy Izu. Razem określane są one mianem wysp Nanpō i wyznaczają granicę pomiędzy Pacyfikiem a Morzem Filipińskim, na którym znajdują się jeszcze położone na wschód od Okinawy wyspy Daitō.
Budowa geologiczna Budowa geologiczna Wysp Japońskich jest bardzo skomplikowana. Występują tu fragmenty starej skorupy kontynentalnej wieku prekambryjskiego, obszary zbudowane ze skał paleozoicznych, mezozoicznych i kenozoicznych z dużą ilością skał wulkanicznych powstałych od miocenu do dziś.
Od kontynentu azjatyckiego Wyspy Japońskie oddziela Morze Wschodniochińskie, którego podłoże zbudowane jest ze skorupy oceanicznej wieku mioceńskiego.