Kanał Kii oraz usiane rozlicznymi wyspami Morze Wewnętrzne (Seto-naikai; dosł. Wewnętrzne Morze Cieśnin) oddzielają Honsiu od czwartej największej wyspy Japonii – Sikoku. Większą jej część zajmują góry Sikoku z najwyższym szczytem Ishizuchi (1982 m). W północno-wschodniej części wyspy dolina rzeki Yoshino oddziela je od niewielkiego pasma Sanuki. Nadbrzeżne niziny północne stanowią główny obszar osadniczy z miastem Matsuyama na czele.
Na południowym zachodzie kraju położona jest trzecia pod względem wielkości wyspa Kiusiu, oddzielona od Honsiu wąską cieśniną Kanmon, a od Sikoku cieśniną Bungo. Znaczną część jej centralnego obszaru zajmuje pasmo gór Kiusiu (Kyūshū-sanchi) ciągnące się z północnego wschodu na południowy zachód. Na północ od niego znajdują się góry Kujū (Kujū-renzan).
Na północnym, przylegającym do Morza Japońskiego wybrzeżu znajduje się największe miasto Kiusiu – Fukuoka. Silnie rozczłonkowane wybrzeża przybrały postać licznych półwyspów: Ōsumi i Satsuma na południu oraz Shimabara, Nishisonogi i Nagasaki na zachodzie.