Natomiast w przypadku wzięcia pod uwagę wyłącznie czterech głównych wysp, najbardziej wysuniętym na północ punktem jest przylądek Sōya, a najbardziej wysuniętym na południe punktem jest przylądek Sata (30°59′N) na krańcu półwyspu Ōsumi na wyspie Kiusiu. Stolicą państwa jest Tokio (Tōkyō).
Główne wyspy archipelagu to Hokkaido (Hokkaidō), Honsiu (Honshū), Sikoku (Shikoku) i Kiusiu (Kyūshū), co stanowi 97% obszaru lądowego (niekiedy podaje się jako piątą Okinawę). Według danych z 2021 roku, łączna powierzchnia państwa wynosi 377 975 km². Większość powierzchni jest pokryta górami, a najwyższym szczytem jest wulkan Fudżi (3776 m). Z tego powodu prawie połowa ludności zamieszkuje nadmorski pas nizin rozciągający się między Tokio, Osaką i Nagoją. Tam też rozwijały się rolnictwo i przemysł. Obszar ten stanowi 13% terytorium państwa.
Japonia jest położona na styku płyt tektonicznych, w obrębie „ognistego pierścienia Pacyfiku”. Stałym zagrożeniem są więc trzęsienia ziemi, wybuchy wulkanów i fale tsunami. Stąd wynikają różnice w danych podających liczbę wysp i odmienną wielkość powierzchni kraju.