W sierpniu i wrześniu nad archipelagiem istnieje wzmożone ryzyko występowania tajfunów, powstających z reguły na zachodnim Pacyfiku.
Japonia to archipelag wysp i wysepek ciągnących się wzdłuż wschodnich wybrzeży Azji i tworzących łuk długości 2990 km (Japończycy utrzymują, że ich kraj ma kształt „trzydniowego Księżyca”). Liczne półwyspy i zatoki sprawiają, że linia brzegowa jest bardzo dobrze rozwinięta, a jej długość wynosi 29 751 km.
Na południowym zachodzie, poprzez Morze Wschodniochińskie, Japonia graniczy z Chinami, na zachodzie Morze Japońskie oddziela kraj od obu Korei oraz Rosji. Na północy cieśnina Sōya (La Perouse’a) oddziela Japonię od rosyjskiej wyspy Sachalin, a cieśnina Nemuro (Kunaszyrska) od Wysp Kurylskich, których południowa część stanowi terytorium sporne z Rosją. Od wschodu i południa kraj oblewają wody Oceanu Spokojnego. Wzdłuż wybrzeży ciągnie się głęboki Rów Japoński (rów tektoniczny).
Ukształtowanie powierzchni thumb|Wyspy Japońskie (mapa hipsometryczna) thumb|Góra Fuji i superekspres linii Tōkaidō Shinkansen thumb|Klifowe wybrzeże Rikuchū Kaigan;