Fonologicznie język praindoeuropejski cechował się bogactwem spółgłosek. Zgodnie z powszechnie uznawaną teorią laryngalną posiadał on trzy spółgłoski o artykulacji gardłowej lub krtaniowej (tzw. laryngały). Ponadto występowały w nim dźwięczne głoski przydechowe, zwarte zmiękczone i zaokrąglone, a także inne głoski, znane m.in. z języka polskiego. Jego system fonetyczny obejmował również po pięć samogłosek krótkich i długich. W rdzeniach i przyrostkach słowotwórczych często miał miejsce charakterystyczny przegłos – podstawowa w tym języku samogłoska /e/ w zależności od formy wyrazu mogła zmienić się w /o/, wydłużyć do /ē/ lub /ō/ albo też całkowicie zniknąć.
Badaniem języka praindoeuropejskiego i jego rekonstrukcją zajmuje się nauka zwana indoeuropeistyką. Właściwe studia nad prajęzykiem i próby jego odtworzenia rozpoczęły się na początku XIX wieku.
Oznaczenia i standardy zapisu W niniejszym artykule stosowane są różne systemy zapisu języka praindoeuropejskiego, z reguły zgodnie z cytowanymi źródłami bibliograficznymi – autorzy według własnego uznania wykorzystują rozmaite konwencje, krótko przedstawione poniżej.