Niekwestionowanym standardem stosowanym powszechnie w publikacjach językoznawczych jest wykorzystywanie gwiazdki (*) w celu poprzedzenia form (wyrazów, rdzeni, głosek itp.) zrekonstruowanych metodami badawczymi, niezaświadczonych bezpośrednio, np.: *loḱs („łosoś”), *k (jedna ze spółgłosek). Natomiast pomiędzy ukośnikami /.../ podawany jest zapis fonetyczny, w tym przypadku najbardziej zbliżony do polskiej wymowy. Poszczególne znaki w zapisie języka praindoeuropejskiego używane są następująco:
samogłoski *ā, *ē, *ō, *ī oraz *ū oznaczają samogłoski długie; głoski *h₁, *h₂ i *h₃ to tzw. głoski laryngalne (laryngały), przedstawione w dalszej części artykułu, jako *hₓ lub *H bywa zapisywany laryngał dokładniej nieokreślony; spółgłoski *ḱ oraz *ǵ oznaczają spółgłoski miękkie, bliskie polskich /ki/ oraz /gi/; spółgłoski *kʷ oraz *gʷ oznaczają spółgłoski zaokrąglone, zbliżone do polskich /kł/ oraz /gł/; spółgłoski *bʰ, *dʰ, *ǵʰ, *gʰ oraz *gʷʰ były spółgłoskami wymawianymi z przydechem, alternatywnie zapisywane są jako *bh, *dh itd.; spółgłoski półotwarte, równoznaczne polskim /j/ oraz /ł/, zapisywane są jako *i̯ (lub *y) oraz *u̯ (lub *w); znakami *l̥, *m̥, *n̥ oraz *r̥ zapisywane są zgłoskotwórcze (tworzące sylabę) warianty odpowiednich spółgłosek.