6 stycznia 2004 roku, po ponad 40 godzinach negocjacji, ówczesny minister zdrowia, Leszek Sikorski podpisał porozumienie z negocjatorami PZ. Tego samego dnia otwarte zostały gabinety i przychodnie protestujących lekarzy rodzinnych. Osiągnięty kompromis uwzględniał główne postulaty świadczeniodawców z PZ i gwarantował utrzymanie warunków dotychczasowych kontraktów. Zniesiono wprowadzone dodatkowe obowiązki:
przekazywania na badania 10% funduszy gwarantowanych kontraktem z NFZ, świadczenia pacjentom całodobowej opieki zdrowotnej, ponoszenia kosztów transportu pacjentów do szpitala, pracy w soboty do południa.
Mimo podpisanego porozumienia NFZ próbował nie realizować punktów ugody. W związku z tym przez najbliższe miesiące Porozumienie Zielonogórskie kilkakrotnie groziło protestem, egzekwując tym samym ich pełną realizację.
Porozumienie Zielonogórskie początkowo działało w formie ruchu społecznego świadczeniodawców ambulatoryjnej opieki zdrowotnej. Osiągnięty sukces w negocjacjach ze stroną rządową i NFZ, ukazał siłę wspólnego działania środowiska lekarzy. Liderzy PZ postanowili przekształcić swój ruch w „Porozumienie Zielonogórskie” Federację Związków Pracodawców Ochrony Zdrowia z siedzibą w Zielonej Górze.