Federacja została ustanowiona 20 marca 2004 roku. Aby zagwarantować dalszą niezależność powstałej organizacji, jedną z pierwszych decyzji jej założycieli był zapis paragrafu 3 statutu: „Federacja jest organizacją samorządną i niezależną w swej działalności statutowej od organów administracji państwowej i samorządu terytorialnego, organizacji politycznych, społecznych i zawodowych”. Cele powstałej federacji pozostały niezmienne: „Federacja ma na celu ochronę praw i reprezentowanie interesów swoich członków wobec dysponentów publicznych i prywatnych środków przeznaczonych na finansowanie usług medycznych, związków zawodowych, organów władzy i administracji państwowej, organów samorządu terytorialnego oraz innych organizacji”. Pierwszym Komisarzem federacji Porozumienia Zielonogórskiego został jej rzecznik, lekarz Robert Sapa.