Wygnanie W 39 roku wykryto spisek na życie Kaliguli, na czele którego miał stać właśnie Emiliusz Lepidus. Agrypina została skazana na wygnanie w wyniku oskarżenia o udział w tym spisku i cudzołożenie z Emiliuszem. Przebywała na małej wyspie u wybrzeży Italii, gdzie zajmowała się poławianiem pereł. Po śmierci Kaliguli odwołana z wygnania przez cesarza Klaudiusza. W 41 roku poślubiła Pasjenusa Kryspusa, wcześniej męża jej szwagierki Domicji. Była oskarżana o spowodowanie przedwczesnej śmierci drugiego męża. Po wykryciu spisku i skazaniu na śmierć Messaliny, dotychczasowej żony cesarza, w 49 roku została niespodziewanie czwartą żoną własnego stryja Klaudiusza.
Żona i matka cesarza Po ślubie z Klaudiuszem otrzymała tytuł augusty i zdobyła znaczny wpływ na rządy, skazując na śmierć lub wygnanie niewygodne dla niej osoby. Już w dniu ślubu zmusiła do samobójstwa młodego senatora, Juniusza Sylanusa, który był zaręczony z córką Klaudiusza, Oktawią. Agrypina planowała bowiem ślub swego syna z pasierbicą, który znacznie wzmocniłby jego pozycję polityczną. Wkrótce też doprowadziła do adopcji przez Klaudiusza swojego syna, zwanego odtąd Neronem, co osłabiało pozycję rodzonego syna Klaudiusza – Brytanika – w kolejce do tronu. Gdy jednak Klaudiusz zaczął planować uznanie młodego Brytanika za dorosłego, zagroziło to planom Agrypiny.