Przypisuje się jej otrucie męża w październiku 54 roku potrawą z grzybów, za pomocą trucicielki Locusty. Nowym cesarzem został jej syn – Neron; w pierwszym okresie jego panowania to ona sprawowała faktyczną władzę przy współpracy wyzwoleńca Pallasa i przy cichej rywalizacji o władzę z prefektem pretorianów Burrusem oraz Seneką.
Odsunięcie od władzy i śmierć thumb|250px|Neron nad ciałem Agrypiny (mal. Arturo Montero Calvo, 1887) Wkrótce jednak jej relacje z synem zaczęły się pogarszać na tle jego pozamałżeńskich przygód miłosnych. Lekceważona Agrypina posunęła się więc do gróźb względem Nerona – zagroziła mu, że pozbawi go władzy na rzecz prawowitego następcy Klaudiusza, Brytanika. Tym samym jednak skazała chłopca na śmierć. Neron rozkazał go otruć na dzień przed jego 14. urodzinami – tj. gdy miał zostać oficjalnie uznany za dorosłego. Sama Agrypina natomiast została usunięta z pałacu cesarskiego i miała odtąd mieszkać jako osoba prywatna. Nigdy jednak nie wyrzekła się swych ambicji, a Neron i jego doradcy swego lęku przed jej wpływami. Gdy młody cesarz za swą kochankę wziął równie ambitną, co okrutną Poppeę Sabinę, sprzeciw Agrypiny stał się tym bardziej niewygodny. Młoda ulubienica cesarza chciała zostać jego prawowitą żoną i Augustą. Namówiła go więc do dwóch kolejnych zbrodni: matkobójstwa i żonobójstwa.