Początkowo kazania Husa były odbierane pozytywnie, zarówno przez króla Wacława IV, jak i arcybiskupa praskiego Zbynka z Hasenburka. Z nominacji tego ostatniego, Jan został wysłany do zbadania rzekomych cudów w Villsnack, gdzie Hostie miały mieć ślady krwi Jezusa. Po zbadaniu sytuacji, stwierdził, że jest to mistyfikacja i zabronił pielgrzymować do tego miejsca. W 1407 roku relacje ze Zbynkiem znacznie się pogorszyły, ponieważ Hus wystąpił w obronie Stanislava ze Znojma, a także skrytykował niemoralne życie duchowieństwa. Rok później odbyła się publiczna dyskusja, przygotowująca do soboru w Pizie, w której miano zdecydować o potępieniu dzieł Wycliffe’a. Husowi i jego zwolennikom znacznie ograniczano swobodę wypowiedzi. Nadto, król Wacław IV, potrzebujący wsparcia uniwersytetu (poprzez wydanie dekretu kutnohorskiego), chciał zakończenia schizmy zachodniej poprzez obalenie papieża Grzegorza XII i antypapieża Benedykta XIII. Hus popierał jego plany, czym ściągnął na siebie gniew Zbynka z Hasenburka, który zagroził mu odebraniem Kaplicy Betlejemskiej. Sobór pizański pogłębił kryzys, gdyż wybrał nowego antypapieża Aleksandra V, po którego stronie opowiedzieli się Czesi. Aleksander powołał komisję do spraw zbadania herezji Wycliffe’a w Czechach, co wywołało gwałtowny sprzeciw króla.