thumb|Sen Innocentego III o zakonniku w burym habicie ratującym Kościół przed upadkiem, którym okazał się Franciszek z Asyżu. Fresk Giotta z końca XIII w. Przed koronacją przyszły cesarz obiecał, że uznaje prawa Kościoła do posiadłości Spoleto i Ankony, obiecał, że będzie wspomagał papieża w egzekwowaniu praw jako suwerena Sycylii, zapewniał, że władza świecka nie będzie mieszała się do wyboru na stanowiska kościelne. Duchowni mieli ponadto otrzymać prawo do nieskrępowanego odwoływania się do papieża. W rękach kościoła miała pozostać całość decyzji związanych z hierarchią. Otton zapewniał również Kościołowi swoją pomoc w tępieniu herezji.
Wkrótce po koronacji nowy cesarz złamał swoje obietnice. Jego wojska najechały Ankonę, Spoleto i inne posiadłości Kościoła. Cesarz oddał je w lenno swoim zwolennikom. Dokonał również najazdu na Sycylię. Po licznych napomnieniach Innocenty III ekskomunikował cesarza (18 listopada 1210), a swoją decyzję potwierdził podczas synodu w Rzymie w marcu 1211. Następca św. Piotra szukał sojusznika w osobie francuskiego króla Filipa Augusta. Uzyskał też wsparcie większości niemieckich książąt, którzy przestali uznawać ekskomunikowanego władcę i wybrali królem Fryderyka II z Sycylii (wrzesień 1211). Wybór potwierdzono rok później w obecności papieskiego legata i Filipa Augusta.