Studiował niemiecki, grekę, fiński, hebrajski, rosyjski, a także polski. Na studiach jako jedyny nie krytykował dramatów Williama Butlera Yeatsa, oskarżanego o czary i brak patriotyzmu. Powtarzał wielokrotnie, także w swoich książkach, że nie będzie służył rzeczom, w które nie wierzy, choćby była to religia, ojczyzna czy rodzina. Prowadził bardzo rozwiązłe życie. Od 1898 studiował filologię i filozofię na uniwersytecie w Dublinie (University College Dublin), ucząc się włoskiego, francuskiego i staroangielskiego.
Po napisaniu Świętego Oficjum w 1902 przerwał studia medyczne w Dublinie i wyjechał pierwszy raz do Paryża. W kwietniu 1903 roku Joyce dowiedział się, że jego matka umiera i natychmiast wrócił do Irlandii. Opiekował się nią, czytając na głos szkice, które ostatecznie zostały wykorzystane w jego niedokończonej powieści Stefan bohater. W ostatnich dniach bezskutecznie próbowała nakłonić go do spowiedzi i przyjęcia komunii.