Jednostka 731 oraz pozostałe placówki działały w ramach i pod nadzorem japońskiej policji wojskowej Kempeitai. Razem z kolaboranckimi jednostkami pomocniczymi Kempeitai odpowiedzialna była za dostarczanie osób przeznaczonych do badań. Tworzyli oni specjalny Wydział Dostarczania Materiału Ludzkiego. Osoby, na których przeprowadzono eksperymenty, były przeważnie Chińczykami, Mandżurami, Koreańczykami lub tzw. białymi Rosjanami. Wśród nich znaleźli się także Europejczycy oraz Amerykanie. W żargonie strażników oraz naukowców nazywano ich pogardliwie maruta (, pol. „kłoda”). Transportowano ich w pozbawionych okien wagonach więziennych Koleją Chińsko-Mandżurską. Więźniowie byli przetrzymywani początkowo w twierdzy Zhongma. Kiedy w 1936 r. doszło do ucieczki więźniów, laboratorium przeniesiono do Pingfang.
Eksperymenty oraz użycie bojowe broni biologicznej Ishii – już podczas otwarcia ośrodka w Pingfang – mówił bez ogródek, do czego ma służyć: „Misją od Boga każdego medyka jest blokowanie choroby i jej eliminacja, lecz zadanie, nad którym będziemy tu pracować, jest całkowitą odwrotnością tej reguły”. Eksperymenty były dokonywane w sposób bestialski.