Przeprowadzano wiwisekcje, sztucznie wywoływano choroby, truto więźniów fosgenem lub cyjankiem potasu, zakażano wąglikiem, symulowano rany wojenne, wywoływano celowe udary, zawały serca oraz dokonywano aborcji. Oprócz tego na więźniach testowano nowe rodzaje broni takie jak granaty czy miotacze ogniaDaily Mail – Doctors of Depravity.. Każda śmierć była uważnie obserwowana i opisywana przez członków oddziału. Szczątki poddawane były kremacji, a ich prochy wsypywano do rzeki Sungari.
W czerwcu i lipcu 1942 Japończycy rozpoczęli w prowincji Zhejiang rozsiewanie zarazków dżumy i cholery za pomocą zrzucanych z powietrza woreczków z zakażonymi pchłami i ziarnem. Ziarno zwabiło szczury, które następnie rozniosły zarazki na ludzi.
Koniec Jednostki 731 oraz okres powojenny Pod koniec wojny (gdy do Mandżurii wkroczyły oddziały Armii Czerwonej) wydano rozkaz zniszczenia kompleksu i placówek satelickich oraz likwidacji pozostających przy życiu więźniów, aby zatrzeć ślady eksterminacji Szacuje się, że w obozie zginęło około 300 000 ludzi. Według innych badań całkowita liczba ludzi, którzy stracili życie za sprawą eksperymentów wyniosła około 750 000.
W 2018 r.