W tym czasie stał się zwolennikiem idei panslawizmu. Uważał, że Słowianie, zagrożeni z jednej strony przez Germanów, z drugiej przez rasę żółtą, powinni scalić się w jeden „Naród Słowiański”. W 1938 r. interpelował w Sejmie w sprawie stworzenia Instytutu Słowiańskiego. Z panslawizmem łączył oryginalny program społeczno-polityczny, postulujący zdecentralizowaną demokrację bezpośrednią („gminowładztwo”) oraz autarkiczny rozwój gospodarczy oparty na chałupniczym wykorzystaniu rodzimych zasobów. Współpracował z wileńską grupą konserwatywną skupioną wokół „Słowa”. W wyborach z 1938 r. Żeligowski zwyciężył w okręgu wileńskim szefa OZN gen. Stanisława Skwarczyńskiego.
Bezpośrednio przed wojną zwrócił się do marszałka Rydza-Śmigłego o powołanie do czynnej służby wojskowej. Prośba generała pozostała bez odpowiedzi. W wojnie obronnej w 1939 nie brał czynnego udziału. W nocy z 7 na 8 września 1939 wyjechał z Warszawy do Brześcia razem z gen. Sosnkowskim i dwoma oficerami jego sztabu. 9 września rano wymieniona czwórka wyjechała z Brześcia do Przemyśla przez Włodawę, Zamość, Rawę Ruską i Jaworów. Gen. Sosnkowski przyjechał do Przemyśla wieczorem 9 września w charakterze generała do zleceń Naczelnego Wodza z zadaniem ustalenia faktycznego położenia Armii „Małopolska”. 10 września obaj generałowie wyjechali do Lwowa, gdzie gen.