Sosnkowski dowiedział się, że został mianowany dowódcą Grupy Armii południowych. Generał towarzyszył dowódcy Frontu Południowego do 13 września, kiedy to gen. Sosnkowski odleciał ze Lwowa do Przemyśla.

Po kapitulacji Lwowa Żeligowski ewakuował się przez Rumunię do Francji, a po jej kapitulacji – do Wielkiej Brytanii. Na emigracji był członkiem Rady Narodowej RP i przewodniczącym jej Komisji Wojskowej oraz Kanclerzem Kapituły Orderu Virtuti Militari. Z tej ostatniej funkcji został w styczniu 1945 zwolniony przez prezydenta Raczkiewicza, ponieważ nie wyraził zgody na odznaczenie gen. Bora-Komorowskiego Krzyżem Wielkim Orderu VM. Wywołał także skandal wśród polskiej emigracji, popierając rządy komunistów w Polsce oraz żądania terytorialne Stalina uważane przez niego za przejaw panslawizmu.