Po rewolucji lutowej w 1917 w związku ze wzrostem nastrojów rewolucyjnych w armii rosyjskiej nastąpiła reorganizacja Dywizji Strzelców Polskich w 1 Korpus Polski, a płk Żeligowski został ponownie skierowany do armii rosyjskiej. Wkrótce jednak wrócił do niego i został dowódcą 1 Dywizji Piechoty. W 1917 był członkiem Polskiego Wojskowego Komitetu WykonawczegoAdam Miodowski, Związki Wojskowych Polaków w Rosji (1917–1918), Białystok 2004, s. 66.. Po wybuchu rewolucji październikowej doszło do konfliktu pomiędzy nim a dowódcą I Korpusu Polskiego gen. Józefem Dowborem-Muśnickim, który opowiedział się za poparciem rosyjskiego Rządu Tymczasowego, a Żeligowski uważał, że polskie jednostki powinny zostać neutralne wobec konfliktu w Rosji. W wyniku tego konfliktu wiosną 1918 gen. Dowbor-Muśnicki usunął go z zajmowanych stanowisk.
Żeligowski wyjechał wtedy do Kijowa, gdzie wszedł w skład Naczelnego Polskiego Komitetu Wojskowego (Naczpol) prowadzącego rozmowy z francuską misją wojskową na temat tworzenia jednostek polskich we Francji i Rosji. Po uzyskaniu pomocy ze strony Francji rozpoczęło się formowanie tzw. Błękitnej Armii gen. Hallera. Żeligowski w dniu 3 lipca 1918 został mianowany przez gen.