Ich zadaniem było uderzenie na głęboką flankę Armii „Kraków” dolinami rzek Dunajca i Białej.
Walki brygady w kampanii wrześniowej 1939 roku 1 września 1939 pozycje 2 BGS zaatakowały wojska niemieckie i słowackie ze Spisza w dolinie Dunajca, a później wojska słowackie z rejonu Mniszka w dolinie Popradu. W dolinie Dunajca Niemcy zajęli miejscowości Niedzicę, Czorsztyn, Nowy Targ i Zakopane, Słowacy zaś Jaworzynę, a także Jurgów. Nazajutrz natarcie niemieckiej 2 DG i słowackiej 1 DP zmusiło 2 BGS do odwrotu.
3 września 2 BGS przeszła do obrony na linii Kłodne – Tylmanowa, ale – zagrożona obejściem przez niemieckie oddziały górskie – wycofała się na trzeci przełom Dunajca pod Wietrznicami, gdzie broniła się przez następne dwa dni. Tego samego dnia Niemcy rozpoczęli atak w dolinie Popradu, zajmując Muszynę i Krynicę, czym zagrozili polskim pozycjom nad Dunajcem i Popradem.
W rezultacie 4 września 2 BGS otrzymała rozkaz zmiany frontu z południowego na zachodni wzdłuż linii Popradu i Dunajca po Nowy Sącz. Wykonując go, płk A. Stawarz wycofał z Limanowej do Nowego Sącza II batalion 1 psp mjra Bolesława Miłka oraz grupę kpt. Romana II Wróblewskiego z pozycji pod Wietrznicą.