Decyzja ta dała Niemcom możliwość prowadzenia natarcia dwoma kierunkami: pierwszym wzdłuż zachodniego brzegu Dunajca przez Łącko – Podegrodzie – Świniarsko wprost na mosty w Nowym Sączu oraz drugi: z Rabki przez Mszanę Dolną–Kasinę Wielką do Limanowej, skąd przez Muchówkę – Lipnicę Murowaną – Iwkową – Czchów dostali się na wschodni brzeg Dunajca pod Zakliczynem koło Tarnowa, czym zagrozili Armii „Kraków”.
Rano 5 września oddziały 2 BGS zajęły pozycje w Nowym Sączu i jego okolicy. Ponadto do odwodu na Falkowej został skierowany batalion ON „Sambor” ze składu 3 Brygady Górskiej Strzelców. Jednakże jednostki nie miały żadnego zgrania operacyjnego, a ich dowódcy działali na własną rękę. Kilkakrotnie zmieniane rozkazy doprowadziły do chaosu organizacyjnego. Już przed południem pierwsze niemieckie oddziały dotarły do przepraw przez Dunajec w rejonie Świniarska i Małej Wsi, ale na razie zostały odrzucone. Jednocześnie w rejonie Krynicy Niemcy podchodzili pod przełęcz Krzyżówka, grożąc obejściem polskich pozycji w rejonie Nowego Sącza od południowego wschodu. W takiej sytuacji płk A. Stawarz rozkazał wycofać 2 BGS nad rzekę Białą Tarnowską i zająć pozycje obronne od Grybowa do Bobowej. Natomiast bataliony broniące Nowego Sącza miały zostać w mieście, osłaniając odskok pozostałych oddziałów z doliny Popradu.