Jednakże pomimo wyraźnego rozkazu, II batalion mjra Miłka opuścił swoje stanowiska już wieczorem 5 września. Na dodatek nie wysadził mostów na Dunajcu i Kamienicy, ani nie zawiadomił innych oddziałów o swojej decyzji. Odszedł do doliny rzeki Białej i obsadził wzgórza pod Wilczyskami w rejonie Bobowej.

Tymczasem Niemcy, wykorzystując zaistniałą sytuację, zajęli nieuszkodzone mosty i o świcie 6 września zaatakowali polskie pozycje od strony doliny rzeki Kamienicy. Zdecydowana ich przewaga i szybkość natarcia spowodowały, że tylko nieliczne oddziały zdołały wycofać się wzdłuż linii kolejowej do Grybowa. W obronie miasta nie uczestniczył także Batalion ON „Sambor”, który z Falkowej i Piątkowej wycofał się do Grybowa bez walki. Ciężką walkę stoczył natomiast batalion KOP „Żytyń”, który z doliny Popradu wycofywał się przez Żeleźnikową Wielką, Zawadę, Kamionkę Wielką i Ptaszkową do Grybowa. W nocy z 5 na 6 września dowództwo 2 BGS wydało rozkaz obsadzenia nowych pozycji nad rzekami: Białą i Ropą, po czym przeniosło swoją siedzibę do Gorlic. Oddziały 1 psp – wzmocnione pułkiem KOP – miały zająć pozycje na wzgórzach prawego brzegu rzeki Białej od góry Chełm aż po Bobową, natomiast bataliony ON miały utworzyć linię obronną nad Ropą w Uściu Gorlickim, w Szymbarku i Gładyszowie.