Lustracja starostwa łomżyńskiego przeprowadzona w listopadzie 1673 podaje, że Lipniki to wieś nowo zasadzona między Borami, zadney powinności ani Robocizny nie odprawuie, dla tego iż zarosli y Chrostow nie ma dobytych, gdyż Poddani tey wsi więcey bawią się Barciami aniżeli Rol uprawowaniem y Zasiewaniem. W lustracji tej wspominany został również przywilej nadany w Warszawie 28 lipca 1672 przez króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego, według którego z zapisanych dóbr we wsi Lipniki szlachetny Wojciech i Marcjanna małżonkowie Jurscy należytą Rzpltey usługę oddawać powinien. Lustracje ziemi łomżyńskiej z lat 1736 i 1758 wśród dóbr łomżyńskich podają Lipniki zapisane jako wójtostwo. Od 1672 Lipniki były bowiem siedzibą jedynego w okolicy uprzywilejowanego wójtostwa szlacheckiego. W 1738, w trakcie powstania Kurpiów, wójt lipnicki Wawrzyniec Jurski na zlecenie Józefa Mniszcha podejmował próby negocjacji z powstańcami, co doprowadziło do jego wypędzenia. W procesie przywódców powstania występował później w roli oskarżyciela.
W 1740 wieś została włączona do parafii w Kadzidle. W 1755 roku wizytował ją biskup Józef Eustachy Szembek, który poświęcił miejscowy cmentarz i zezwolił na budowę kościoła, jednak dopiero po 1775 wybudowana została drewniana kaplica.