W 1800 wójtostwo lipnickie należało do rodziny Kierznowskich. W 1808 podjęte zostały kolejne starania o utworzenie w Lipnikach odrębnej parafii, co doszło do skutku dopiero w maju 1838. Do nowej parafii pw. Najświętszego Serca Jezusowego włączono Lipniki i 8 okolicznych wiosek. Budowę murowanej świątyni pw. Najświętszego Serca Jezusowego rozpoczęto w 1841, a zakończono trzy lata później. W 1845 przystąpiono do powiększenia budowli. Ostateczne zakończenie budowy nastąpiło w 1889.
W 1795 nastąpił III rozbiór Rzeczypospolitej. Lipniki znalazły się w zaborze pruskim, a potem w granicach Carstwa Rosyjskiego. Później znalazły się w granicach Księstwa Warszawskiego i Królestwa Polskiego (Kongresowego). W 1827 w 133 domostwach mieszkało 828 osób. Kurpie z Lipnik walczyli w powstaniach – listopadowym i styczniowym. Wielu ludzi wyemigrowało z Lipnik i dziś można znaleźć, np. w USA i Niemczech, ludzi, którzy wiedzą, że ich przodkowie mieszkali w Lipnikach.