Ostatnie lata thumb|Nagrobek Champolliona na cmentarzu Père-Lachaise Po trudach trwającej 16 miesięcy wyprawy Champollion powrócił do Francji. 7 maja 1830 został członkiem Akademii Inskrypcji i Literatury, a w 1831 – profesorem egiptologii w utworzonej dla niego katedrze w Collège de France. Zajął się także opracowywaniem swojego podręcznika gramatyki staroegipskiej. Pracy tej jednak nie dokończył. Zmarł 4 marca 1832 na udar mózgu i spoczął na cmentarzu Père-Lachaise.
Krytyka systemu Champolliona System odczytywania hieroglifów Champolliona nie od razu zdobył akceptację środowiska naukowego. Jedni uważali, że pismo egipskie to rodzaj alfabetu, a skomplikowany system Champolliona określali jako sztuczny i mało przekonujący. Takie poglądy głosili m.in.: angielski badacz Thomas Young i profesor Sylvestre de Sacy. Gustavus Seyffarth, niemiecki orientalista, uważał, że hieroglify miały oznaczać fonogramy i sylaby, a ideogramy i determinatywy uznał jedynie za wymysł Champolliona. Jeszcze inni byli po prostu sceptykami, nie potrafili znaleźć przeciwnych argumentów, lub kierowali się niechęcią wobec Champolliona.