Wypożyczenie do GKS Bełchatów 19 lipca 2006 roku Rafał Boguski został wypożyczony na okres pół roku do BOT GKS-u Bełchatów. Tam początkowo miał problemy z przebiciem się do podstawowego składu, jednak trener Orest Lenczyk, widząc w piłkarzu duży potencjał, zdecydował się na przedłużenie wypożyczenia zawodnika Wisły na kolejny rok. W rundzie wiosennej sezonu 2006/2007 Boguski był już podstawowym graczem GKS-u, występował najczęściej na lewym skrzydle i dużym stopniu przyczynił się do zdobycia wicemistrzostwa Polski przez bełchatowski zespół.
Powrót do Wisły Kraków Dobre występy Boguskiego zauważył nowy trener krakowskiej Wisły Maciej Skorża, który zadecydował o powrocie zawodnika do Wisły. Nie chcieli się na to zgodzić prezesi GKS-u, również sam zawodnik wolał zostać w Bełchatowie jeszcze przez pół roku. Jednak zgodnie z umową, jaką podpisały oba kluby, Wisła miała prawo skrócić wypożyczenie piłkarza i tak też uczyniła.
W sezonie 2007/2008 Boguski był podstawowym zawodnikiem krakowskiego zespołu i zdobył z nią mistrzostwo Polski. Dobre występy zaowocowały powołaniem do reprezentacji Polski przez trenera Leo Beenhakkera.
Od sezonu 2018/2019 został pierwszym kapitanem zespołu, a po powrocie Jakuba Błaszczykowskiego został przemianowany na pierwszego wicekapitana.