14 września 2019, w wyjazdowym meczu 8. kolejki Ekstraklasy sezonu 2019/2020 z Koroną Kielce, otrzymał pierwszą w swojej karierze czerwoną kartkę.
Kariera reprezentacyjna Rafał Boguski zadebiutował w reprezentacji Polski 15 grudnia 2007 roku w meczu z Bośnią i Hercegowiną, zastępując w 47 minucie Szymona Pawłowskiego. Pierwszego gola zdobył niemal dokładnie rok później – 14 grudnia 2008 roku, w wygranym przez Polaków meczu z reprezentacją Serbii. 7 lutego 2009 roku, w towarzyskim spotkaniu z reprezentacją Litwy, zaliczył asystę przy bramce Pawła Brożka. 1 kwietnia 2009 roku zaliczył dwa trafienia w meczu eliminacji Mistrzostw Świata 2010 przeciwko reprezentacji San Marino. Bramka na 1:0, którą Boguski zdobył w 23. sekundzie meczu, jest najszybciej zdobytym golem w historii polskiej reprezentacji.
Bramki w reprezentacji # Data Gdzie Przeciwnik Bramka Rezultat Rozgrywki 1. 14 grudnia 2008 Antalya, Turcja Serbia 1:0 1:0 Towarzyski 2. 1 kwietnia 2009 Kielce, Polska San Marino 1:0 10:0 Eliminacje Mistrzostw Świata 2010 3. 3:0