Wier uważał za niesprawiedliwe, iż wykształconych magów-czarnoksiężników puszcza się wolno, podczas gdy nierozumne, omamione i melancholijneB. P. Levack, Polowanie na czarownice w Europie wczesnonowożytnej, Wrocław-Warszawa-Kraków 1991, s. 27., ale całkowicie nieszkodliwe starsze kobiety pali się na stosachMałgorzata Pilaszek, Procesy o czary w Polsce w wiekach XV-XVIII, Kraków 2008, s. 123-124.. Był przeciwnikiem procesów czarownic (przed sądami świeckimiB. P. Levack, Polowanie na czarownice w Europie wczesnonowożytnej, Wrocław-Warszawa-Kraków 1991, s. 72.), ponieważ według niego były one nieludzkie, okrutne i często prowadziły do śmierci niewinnych osóbRobert Thurston, Polowania na czarownice. Dzieje prześladowań czarownic w Europie i Ameryce Północnej, Warszawa 2008, s. 179., ale z drugiej strony nie uwalniał osób wyobrażających sobie jedynie, że paktują z diabłem, od winy herezji. Wier był także przeciwnikiem stosowaniu tortur podczas procesów.