Indianie skupieni byli w małych, wędrownych grupach, lecz okazjonalnie, w okresie polowań łączyli się w większe społeczności.
Pierwszym Europejczykiem, który dotarł w te rejony w 1576 był Martin Frobisher, który należał do pionierów poszukiwania Przejścia Północno-Zachodniego. Innymi podróżnikami i odkrywcami wczesnego okresu badań północnoamerykańskiej Arktyki byli John Davis, William Baffin i Henry Hudson.
Jukon pod zarządem kompanii handlowych Po roku 1670, kiedy to Kompania Zatoki Hudsona otrzymała dzierżawę Ziemi Ruperta, rozpoczęła się systematyczna eksploracja zachodnich i północnych terenów współczesnej Kanady. Choć Jukon leżał poza Ziemią Ruperta, agenci kompanii sporadycznie docierali i tam. Pierwszym był Samuel Hearne, który w latach 1770 do 1772 zbadał i opisał okolice rzeki Coppermine. Systematyczne badanie rejonu rozpoczęło się od czasu powołania Kompanii Północno-Zachodniej, która zgłosiła roszczenia do północnych terytoriów leżących na zachód od Ziemi Ruperta. Do najsłynniejszych podróżników pracujących dla Kompanii i badających tereny Jukonu należał Alexander Mackenzie, który w 1789 odbył podróż w dół rzeki Mackenzie, nazwanej później jego imieniem.