Badania agentów kompanii sprowadzały się do zagadnień praktycznych, topografii, możliwości komunikacyjnych, możliwości polowań i wymiany towarowej itp.

Ściśle geograficzne badania rozpoczęły się dużo później i zainicjował je Amerykanin w 1860, pracujący dla Smithsonian Institution. Badania kontynuował Frederick Schwatka w 1883, w czasie gdy Jukon leżał już w granicach Kanady. Schwatka był amerykańskim żołnierzem, podróżującym po Jukonie przy okazji swych badań Alaski. Rząd Kanady zainicjował profesjonalne badania rejonu w 1870, wysyłając na północ ekspedycję pod kierownictwem George’a Dawsona, która skupiła się nad badaniami topograficznymi i geologicznymi.

Od 1840 r., kiedy zaczęły się wyczerpywać zasoby Ziemi Ruperta, Jukon, a w szczególności Dolina Rzeki MacKenzie, stały się terenem intensywnych połowów oraz handlu z Indianami. Już w 1845 rozpoczęto regularną działalność w okolicach rzeki Jukon. Powstało na tym terytorium szereg fortów, z których najważniejszymi były Lapierre House 1846, Fort Jukon 1847 i Fort Selkirk 1848. W Jukonie polowano na bobry i lisy arktyczne.