CFR po roku 1989 thumb|Dwujęzyczne oznaczenie na stacji kolejowej w Satu Mare thumb|Bilety kolei rumuńskich (1996) Po rewolucji w Rumunii w 1989 roku, która spowodowała upadek reżimu, Rumunia miała jedną z największych, najgęstszych i najbardziej eksploatowanych sieci kolejowych w Europie, ale także bardzo przestarzałą infrastrukturę. To, w połączeniu z gospodarczym kryzysem w latach 90 XX w., spowodowanym przestawieniem kraju na gospodarkę rynkową, doprowadziło niemal do upadku spółki. Wiele nieużywanych lub wykorzystywanych w niewielkim stopniu tras, głównie w obszarach wiejskich, zostało zamkniętych, a tabor, wyprodukowany głównie w latach 70 XX w., był w bardzo złym stanie technicznym. Wizerunek CFR, zarówno w Rumunii, jak i poza jej granicami bardzo ucierpiał, głównie z powodu raportów o zniszczonych, rozpadających się pociągach, kiepskiej obsłudze klienta i niedołężności zarządu.
Sytuacja utrzymywała się do 1998 roku, gdy Societatea Națională a Căilor Ferate Române (Państwowe Przedsiębiorstwo Kolei Rumuńskich) została zreorganizowana i podzielona na cztery odrębne spółki.