Pankiewicz, pomagając Żydom, był kilkakrotnie bezpośrednio zagrożony. Jeden z najgroźniejszych konfidentów w getcie krakowskim, Szymon Szpitz umieścił nazwisko Pankiewicza na liście skierowanych do wysiedlenia na jesieni 1941 za organizacje nielegalnych spotkań w aptece dla mieszkańców getta i za umożliwienie im kontaktu z „aryjską” stroną miasta. Interwencja dr Rozalii Blau, chirurga ze Szpitala Żydowskiego uratowała Pankiewiczowi życie. W czasie wysiedlenia październikowego (1942) został wyprowadzony z apteki przez patrol policji niemieckiej i dołączony do transportu Żydów do obozu w Bełżcu, wówczas dowodzący wysiedleniem SS-Sturmbannführer Willi Haase pozwolił mu wrócić do apteki. Podczas czerwcowej akcji wysiedleńczej (1942) SS-Hauptsturmführer Kunde wszedł do apteki, załadował broń wsuwając w magazynek tyle kul ilu było pracowników w aptece i kiedy farmaceuci zastanawiali się: „zacznie strzelać z lewej, czy z prawej strony?”. Kunde, rozejrzawszy się, wyszedł na zewnątrz.