W 1965, na podstawie pracy Zagadnienie miedzionośności cechsztynu na tle budowy geologicznej strefy przedsudeckiej, uzyskał stopień doktora nauk przyrodniczych i stanowisko samodzielnego pracownika naukowego w Instytucie Geologicznym. W 1973 objął stanowisko docenta w tym Instytucie.
W 1974, wraz z zespołem opracował Projekt poszukiwań cechsztyńskich rud miedzi na obszarze zachodniej części monokliny przedsudeckiej, perykliny Żar i niecki północno-sudeckiej. Nagła śmierć nie pozwoliła mu kontynuować tych prac.
Dorobek naukowy Jana Wyżykowskiego obejmuje około 30 prac publikowanych i ponad 20 archiwalnych.
Otrzymał wiele odznaczeń państwowych, m.in. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (1959) i Order Sztandaru Pracy I klasy (1970). Ponadto otrzymał Medal 30-lecia Polski Ludowej, Medal „Za zasługi dla obronności kraju”, Odznakę 1000-lecia Państwa Polskiego, Medal Górnictwa w 1000-lecie Państwa Polskiego, a także odznakę Zasłużonego Działacza Związku Zawodowego Górników, złotą odznakę Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Górnictwa, złotą odznakę Zasłużonego dla Dolnego Śląska, odznakę Zasłużonego Pracownika Socjalistycznej Pracy i odznakę Zasłużonego dla Instytutu Geologicznego. Otrzymał także Order Bryły — symboliczne odznaczenie Życia i Nowoczesności, przyznawane za talent i charakter.