27 września 1972 otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Miasta LubinaLubin 1945-1985, Legnica 1986, s. 4..
W 1966 został laureatem zespołowej Nagrody Państwowej I stopnia w zakresie geologii, górnictwa i energetyki za udział w odkryciu złoża rud miedzi Lubin-Sieroszowice i w opracowaniu pierwszej dokumentacji geologicznej tego złoża. W 1970 uczestniczył w zespołowej Nagrodzie Przewodniczącego Komitetu Nauki i Techniki za opracowanie nowej metody poszukiwań i rozpoznania złóż rud cynku i ołowiu.
Pochowany został na cmentarzu Powązki Wojskowe w Warszawie (kwatera A35-4-4)Wyszukiwarka cmentarna – Warszawskie cmentarze.
Upamiętnienie Imię Wyżykowskiego noszą szkoły w jego rodzinnym Haczowie, a także w Krotoszycach, Głogowie, Polkowicach, Lubinie oraz Uczelnia Jana Wyżykowskiego w Polkowicach. Od marca 2007 także szyb kopalni Polkowice – Sieroszowice znajdujący się w pobliżu odwiertu, w którym po raz pierwszy odkryto tutejsze złoże miedzi.