Była bardzo pobożna, stąd też wysłała go w 1888 roku do szkoły cerkiewnej, aby ten uczył się na prawosławnego księdza. W szkole zapamiętał szczególnie nauczyciela Dmitrija Chachutaszwili, który wprowadzał na lekcjach żelazną dyscyplinę, często bijąc uczniów. Pomimo wychowania chrześcijańskiego, Stalin został ateistą, po zastanowieniu się nad problemem zła i zapoznaniu się z ewolucją za pośrednictwem dzieła Charlesa Darwina O powstawaniu gatunkówMontefiore, Simon Sebag (2007). Young Stalin. London: Weidenfeld & Nicolson. ISBN 978-0-297-85068-7. Radzinsky, Edvard s. 49.
W 1894 roku jako jeden z najlepszych uczniów szkoły cerkiewnej uzyskał stypendium w kwocie 5 rubli w seminarium duchownym w stolicy Gruzji, Tyflisie. Wysyłał część pieniędzy matce, zrywając natomiast zupełnie kontakt z ojcem mającym problemy z prawem. Stalin nie lubił seminarium. Jak twierdził, panowały w nim „jezuickie” metody nauczania, opierające się na ingerencji w prywatne życie uczniów. W trakcie studiów zainteresował go marksizm. W 1898 roku jego nazwisko znalazło się na liście najbardziej niesfornych seminarzystów. Przy wpisach znalazły się informacje Wychowanek J. Dżugaszwili czyta zakazane książki. J. Dżugaszwili wydał nielegalną gazetkę. W 1899 roku został wydalony z uczelni. Jak sam później twierdził, wyrzucono go za promocję marksizmu.