W ramach AP od 1977 pełnił funkcję sekretarza generalnego, a w 1979 objął stanowisko przewodniczącego tego ugrupowania. W tym czasie partia nawiązała współpracę z ugrupowaniami wywodzącymi się z UCD, a także stała się główną siłą opozycyjną wobec rządzących od 1982 socjalistów z PSOE. W 1986 polityk złożył rezygnację z kierowania AP, w 1987 zastąpił go na tej funkcji Antonio Hernández Mancha. W 1989 Manuel Fraga Iribarne stanął na czele Partii Ludowej powstałej głównie na bazie Alianza Popular. Ustąpił w 1990 na rzecz José Maríi Aznara.
Do 2006 kierował PPdeG, regionalnym oddziałem ludowców w Galicji. W 1989 poprowadził partię do zwycięstwa w wyborach regionalnych, co pozwoliło mu objąć w 1990 stanowisko prezydenta wspólnoty autonomicznej. Utrzymywał je również po wyborach w 1993, 1997 i 2001. Zakończył urzędowanie po wyborach w 2005, gdy nieznaczną większość w parlamencie uzyskali socjaliści i galisyjscy nacjonaliści (nowym prezydentem został Emilio Pérez Touriño z PSOE).
W 2006 regionalny parlament desygnował go w skład Senatu, Manuel Fraga Iribarne w izbie wyższej Kortezów Generalnych zasiadał do 2011.