Uwolniony dzięki interwencji króla Włoch Wiktora Emanuela III przyłączył się znowu do podziemia pod nazwiskiem Louis Monnier i brał udział w czynnej walce zbrojnej z najeźdźcą, przy czym został ciężko ranny w 1944. Po powrocie de Gaulle’a do Francji generał nadał Napoleonowi Krzyż Kawalerski Legii Honorowej (w późniejszych latach książę został komandorem tego orderu) i zezwolił na pobyt we Francji. Do chwili zniesienia prawa o banicji pretendentów 24 czerwca 1950 ks. Napoleon mieszkał we Francji pod nazwiskiem hrabiego Montfort.
W 1949 poślubił księżną Alix de Foresta z arystokracji francuskiej i został ojcem czwórki dzieci: Karola (ur. 19 października 1950 w Boulogne-Billancourt) ∞ księżniczka Beatrycze Burbon-Sycylijska ∞ Jeanne Françoise Valliccioni Katarzyny (ur. 19 października 1950 w Boulogne-Billancourt) ∞ Nicolò San Martino d’Agliè dei Marchesi di Fontanetto ∞ Jean Dualé Laury (ur. 8 października 1952, w Paryżu) ∞ Jean-Claude Lecomte Hieronima (ur. 14 stycznia 1957, w Boulogne-Billancourt) ∞ Licia Innocenti