W finale gry Reflux kradnie berło króla Gumsi, zyskując moc bóstwa Leptysa, co prowadzi do ostatecznego starcia na szczycie wieży. Po pokonaniu przeciwnika i przywróceniu André formy czerwonego Lumka, bohaterowie wracają do domu. Ostatecznie okazuje się, że geneza konfliktu była przypadkowa – to Rayman, poprzez nieświadome stworzenie teatrzyku cieni w początkowej fazie gry, doprowadził do wystraszenia czerwonego Lumka, co zainicjowało przemianę André w antagonistę.
Rozgrywka Rayman 3: Hoodlum Havoc to trójwymiarowa gra platformowa, w której poziomy mają charakter bardziej nastawiony na akcję niż otwarte światy znane z Rayman 2: The Great Escape. Gracz kieruje tytułowym bohaterem, pokonując kolejne etapy polegające na skakaniu po platformach, rozwiązywaniu prostych zagadek środowiskowych oraz walce z armią Hoodlumów – żołnierzy dowodzonych przez czarnego Luma Andrégo. W toku postępów Rayman zdobywa pięć tymczasowych wzmocnień pobieranych ze specjalnych puszek: